帝企鹅主要生活于南极洲以及附近海洋中。通常在南极严寒的冬季繁殖后代，因为冬季敌害相对较少。奇特的是，雌企鹅只负责产蛋，雄企鹅才负责孵卵。孵卵期间，为了避寒和挡风，多只雄企鹅常常会并排而站，背朝来风面形成一堵挡风的墙。

帝企鹅为了保护小企鹅不遭受天敌——贼鸥的攻击，通常选择在南极严寒的冬季冰上繁殖后代，雌企鹅在5月份左右产蛋，帝企鹅每次只产1枚蛋。企鹅每年繁殖一次，雌企鹅产下蛋后，就暂时完成任务，雌企鹅在产卵过程中消耗了大量的体能，早已饥肠辘辘，于是把孵蛋的重任交给雄企鹅后，不顾一切地奔向海边去觅食。

帝企鹅的耐寒能力超强，在零下40度的条件下孵出小企鹅，不是一件容易的事，企鹅蛋不能直接放在地面或冰面上，否则就会把未出世的企鹅宝宝冻坏，于是雄企鹅双脚并拢，用嘴把蛋滚到脚背上，其目的就是不让蛋直接接触地面。然后，充分利用大腹便便的特点，用腹部的皱皮把蛋盖上，真如同一床羽绒被一样，给未来的小宝贝制造出一个温暖舒适的窝。成千上万孵蛋的雄企鹅为了抵挡南极的寒风，保持体温，通常背风而立，肩并肩地排列在一起，一动不动，不吃不喝，一心一意地孵蛋。大约60天之后，雌企鹅吃饱喝足，膘肥体壮，从远方海中回来，在成群结队的企鹅群中能准确地找到它的丈夫，这时候，企鹅宝宝才刚刚出世，雌企鹅从雄企鹅怀中接过企鹅宝宝，担当起养育后代的重任，用它在胃中储存的营养物质喂养企鹅宝宝。这时，骨瘦如柴、精疲力尽的雄企鹅卸下重担后，直奔远方的大海，去海中捕食美味的南极磷虾。

4月份，南极开始进入初冬，帝企鹅爬上岸来，开始寻找“安家立业”的宝地。到达繁殖地一个多月后，雌帝企鹅产下一枚淡绿色、重约500克的蛋，然后将蛋交给雄帝企鹅，就匆匆上路，返回食物丰富的海洋，以补养它们因生育而衰弱的身体。雄帝企鹅用嘴将蛋拨到足背上，然后放低它们温暖的腹部，把蛋盖住。从此，雄企鹅便弯着脖子，低着头，不吃不喝地站立60多天，承担起孵蛋的重任，靠消耗自身脂肪维持体能。

7月中旬到8月初的这段时间里，小帝企鹅们陆续地孵化出来。这时，雄帝企鹅才能稍微活动一下身子，然而雌帝企鹅还要在7-8个星期后才能回来，在她们返回前，小帝企鹅没有食物吃，如果小企鹅太饿，雄帝企鹅会反刍出一种白色的分泌物喂到小企鹅的嘴里，这种分泌物据说没什么营养，只是应付一下罢了。当雌帝企鹅返回时，它们将装在嗉囊里的食物带给小企鹅。这时，雄帝企鹅就可以返回海里去捕食和补养身体了。

初生企鹅的幼儿阶段，是在雄企鹅的脚背上和身边度过的，雄企鹅既是父亲又是保育员。初生的小企鹅浑身毛绒绒的，灰黄色，瞪着一对带内圈的小眼睛，走起路来，东歪西斜。由于父母双亲的精心抚养，小企鹅长得很快，不到一个月，就可以独立行走、游玩了。为了便于外出觅食和加强对后代的保护和教育，企鹅父母便把小企鹅委托给邻居照管。这样，由一只或几只成体帝企鹅照顾着一大群小企鹅的“幼儿园”就形成了。在幼儿园里，阿姨像照顾自己的子女一样，精心地照顾所有的孩子。小企鹅也乖乖地听阿姨的话，在那里过得很开心，等它们的父母回来，才把它们接回去。幼儿园的小企鹅偶尔也会遭受凶禽、猛兽的侵袭，此刻，阿姨们便会发出救急信号，招呼邻居，前来增援，对来犯之敌，群起而攻之。

尽管小企鹅在家庭和集体的精心抚养和照料下，不断成长、健壮，然而，由于南极恶劣环境的压力和天敌的侵害，小企鹅的存活率很低，仅占出生率的20-30%。

小企鹅出生3个月左右，南极的夏季来临了，它们跟随父母下海觅食、游泳。当南极的盛夏来临时，它们已长出丰满的羽毛。帝企鹅在真正成熟之前，它需要父母亲的精心抚养，还要学会独立行走、游泳、觅食等基本生存技能。14到16个月后，小企鹅才可完全成熟到独立程度。由于企鹅的交配季节都是固定的，因此当小企鹅长大成熟之时，正是海水中食物最为丰富的时节。

列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2012年濒危物种红色名录ver3.1——近危（NT）。

由于海水温度的不断升高，造成了企鹅的食物来源急骤减少，它们的栖息环境正在恶化，这些都严重威胁了企鹅的生存。

据香港《文汇报》报道，气候变化对生态环境造成的影响愈加明显。最新研究指出，南极冰层因气候变化而融解，将使南极“皇帝企鹅”数目到2100年时将大减超过一半。科学家呼吁把皇帝企鹅列为“濒危动物”，以减低气候变化对它们造成的冲击。

南极洲已知皇帝企鹅聚居地有45个。报告指，这些地方全都受融冰威胁，企鹅数目在2050年前，虽然仍会增加约10%，但其后将大幅减少最少19%，其中2/3地方的企鹅数目更恐剧减逾半，当中西部的印度洋及东部一带情况最严峻。