黄眼企鹅是一种中型企鹅，它们是不生活在南极的最大的企鹅。一般身高56-78厘米，体重约5-8千克。其特征就是它们的黄眼睛，用于区分同是头上有黄色羽毛的其他成年企鹅和幼年企鹅。该物种表现出性二态性，雄鸟具有类胡萝卜素衍生的装饰物。雄性和雌性的差异可以从头上羽毛的色素沉积中看出，雄性头部呈更为明亮的黄色。黄眼企鹅身体呈黑色，颚及喉咙呈黑褐色。眼睛之间有一黄带在头后部连接。瞳孔呈淡黄色。

黄眼企鹅是是留鸟，通常在一个固定的地区居住，狩猎时除外。它们不是聚居地企鹅，这意味着它们不能与其他企鹅成群居住。 这些鸟通常留在岸上，当需要觅食时，它们只在离海约7-13千米的地方活动，并在大陆架上捕猎。

黄眼企鹅主要在海底觅食，占所有潜水的87%，而浮游潜水则主要发生在它们返回繁殖区时。它们偶尔潜入的深度超过120米，但主要在小于100米的深度觅食。个体有觅食地点，它们会在随后的觅食旅行中甚至数年之间重新造访原来的觅食区。它们似乎对底栖觅食生境的干扰和退化非常敏感。

黄眼企鹅一般会在离岸7-13公里及巢穴以外的17公里处觅食。它们会在清晨离开巢穴，花2-3日的时间在海中觅食，若要哺育雏鸟的话，则会在即日的晚上回到巢穴。它们一般可以潜至34米的水深处。

在新西兰当地的毛利人把黄眼企鹅称作“Hoiho”，意思是大嗓门，因为它们的叫声尖锐且刺耳。黄眼企鹅的叫法是伸长脖子对天大叫，叫时胸肌一鼓一鼓的，且通常一对一分站四方，面对面引吭高歌，乍看像吵架，但这却是它们沟通的方式。当它们不叫时又挺相亲相爱的，常常交头接耳，磨磨蹭蹭。潜在伴侣通过尖锐的声音进行声音交流。巢穴通常被很好地隐藏起来，这种呼唤是用来让伴侣以及彼此寻觅的。由于它们的孤立性，它们没有受到其他企鹅的太多社会刺激，因此很容易被人类惊吓。

黄眼企鹅约90%的食物都是鱼类，余下的是头足纲。食物主要由小型鱼类组成，无论是幼鱼还是成年个体很小的物种。包括单鳍双犁鱼（Hemerocoetes monopterygius）、红拟褐鳕（Pseudophycis bachus）、新西兰拟鲈（Parapercis colias）、长体水珍鱼（Argentina elongata）和蓝背黍鲱（Sprattus antipodum）。它们也分别吃软体动物和一些甲壳类动物，包括新西兰箭鱿（Nototodarus sloani）和澳大利亚磷虾（Nyctiphanes australis）。它们的狩猎大多发生在大陆架边缘的新西兰沿海，使它们成为海洋捕食者。其觅食行为取决于繁殖季节。 未繁殖的企鹅走得更远，以狩猎为生。黄眼企鹅的离岸旅行相对短于其他类似规模的企鹅。

黄眼企鹅是一夫一妻制：每个繁殖季节，雄性有一个雌性伴侣。该物种表现出性二态性，是雄性和雌性之间次要特征的差异，是选择配偶的原因。在该物种中，性二态性特征是雄性有明亮的黄色羽毛，雌性会根据该色彩来选择配偶。这种颜色模式被认为是伴侣质量的指标；但是，需要更多证据来确定如何选择伴侣。黄眼企鹅的筑巢行为会影响鸟类的社会结构。它们的巢点通常非常大且隔离。研究表明，筑巢地点越孤立，繁殖就越有效。它们的大部分筑巢地点都在周围植物的掩护下，最佳环境是沿海森林。这些孤立的巢是阻止黄眼企鹅成为聚居地鸟类的因素之一。

黄眼企鹅的繁殖季节从8月中旬开始，通常持续28周。在这段时间里，企鹅伴侣共同筑巢并孵化卵。该物种每年仅产2枚卵，这些卵通常在9-10月同时产下。与许多其他企鹅物种不同，黄眼企鹅会产下两个大小相似的卵，它们都能存活下来。而其他许多企鹅会产两个不同大小的卵。由于黄眼企鹅的两个卵都将产生有活力的后代，因此它们必须同时孵化。这可能是由于分泌的催乳激素的量在的原因。产卵后，平均需要43天才能孵化。孵化期通常在11月进行。通常雌性幼企鹅的性成熟期在2-3年，而雄性则要在3-4年后达到性成熟。

雄性和雌性父母都表现出对着幼鸟的精心照料。从乳化期开始，直到乳化后大约6周大，黄眼企鹅都得到父母的照顾。它们用一种新的形式进行育儿投资，包括保护幼鸟并为其提供必要的资源。这个时期称为育雏期，通常需要大约6个星期。期间，一只黄眼企鹅父母守卫刚孵出的小企鹅，另一只出去狩猎。6个星期的育雏期之后，父母保护减少了，但配给的食物却增加了。直至幼鸟最离巢，自给自足。

黄眼企鹅的平均寿命为23年，雄性通常比雌性寿命更长。捕食在决定它们的寿命方面没有太大的作用。影响最大的因素是繁殖的数量，未繁殖或无法繁殖的黄眼企鹅通常比繁殖的寿命更长。

列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）2018年ver3.1——濒危（EN）。

黄眼企鹅大约有1,700对繁殖对（3,400个繁殖对），其中约60%在南极次大陆（奥克兰群岛和坎贝尔岛）（Seddon等，2013）。大陆与南极次大陆之间几乎没有活动痕迹，遗传分析揭示了三个不同的亚群（包括斯图尔特岛在内的新西兰大陆以及南极次大陆的奥克兰和坎贝尔群岛），应将其作为单独的保护单位进行管理（Boessenkool等（2009）。关于南极次群岛上可疑的“物种聚居点”知之甚少。奥克兰群岛的种群从未进行过全面的数量普查，但是从1989年的一次简短的勘查来看，估计可以支持520-570对（Moore1992）。坎贝尔岛上的种群最后估计是在1992年，为350-540对（Moore 2001）。斯图尔特岛和离岛群值在1994年估计为220-400对，在1999-2001年下降到178对（Massaro和Blair 2003）。大多数南岛繁殖区的年度巢穴数量表明过去种群的波动很大。自1996年以来，人口下降了76%（Mattern等 2017）。2011-2012年，南岛的东南海岸被认为拥有452对（Seddon等，2013年），但在2015年，南岛仅计数了216对繁殖对（MelanieYoung，DOC；未发表的数据） 。

趋势判断：由于一系列威胁进程，主要是掠食者，生境转变和干扰，该物种被认为总体呈下降趋势。有人认为南岛的物种数量可能会出现波动，但有证据表明，1996-2015年之间，奥塔哥半岛的数量比例为76%（Mattern等，2017年），斯图尔特岛的物种数量似乎也在下降（D.休斯敦（2012）。因此，在过去的三代（21年）中，总体下降幅度估计为50-79%。