许多蜥蜴在遭遇敌害或受到严重干扰时，常常把尾巴断掉，断尾不停跳动吸引敌害的注意，它自己却逃之夭夭。

这种现象叫做自截，可认为是一种逃避敌害的保护性适应。自截可在尾巴的任何部位发生。但断尾的地方并不是在两个尾椎骨之间的关节处，而发生于同一椎体中部的特殊软骨横隔处。这种特殊横隔构造在尾椎骨骨化过程中形成，因尾部肌肉强烈收缩而断开。软骨横隔的细胞终生保持胚胎组织的特性，可以不断分化。所以尾断开后又可自该处再生出一新的尾巴。再生尾中没有分节的尾椎骨，而只是一根连续的骨棱，鳞片的排列及构造也与原尾巴不同。有时候，尾巴并未完全断掉，于是，软骨横隔自伤处不断分化再生，产生另一只甚至两只尾巴，形成分叉尾的现象。

蜥蜴的变色能力很强，特别是避役类（Chamaeleons）以其善于变色获得“变色龙”的美名。蜥蜴的变色是一种非随意的生理行为变化。它与光照的强弱、温度的改变、动物本身的兴奋程度以及个体的健康状况等有关。

大多数蜥蜴是不会发声的。壁虎类是一个例外，不少种类都可以发出宏亮的声音。蛤蚧鸣声数米之外可闻。壁虎的叫声并不是寻偶的表示，可能是一种警戒或占有领域的信号。

蜥蜴类具交接器，行体内受精。一般在春末夏初进行交配繁殖。有的种类的精子可在雌体内保持活力数年，交配一次后可连续数年产出受精卵。在一部分蜥蜴中只发现雌性个体，据研究，它们是行孤雌繁殖的种类。这类蜥蜴的染色体往往是异倍体。有的正常行两性繁殖的种类，在一定环境条件下会改行孤雌繁殖，据认为，孤雌繁殖有利于全体成员都参与产生后代，有利于迅速扩大种群，占据生存领域。

多数种类蜥蜴系卵生（Oviparous）、一般于夏季产卵于温暖潮湿而隐蔽的地方。卵数由一二枚到十几枚不等。卵的大小与该种个体的大小有一定的关系。壁虎科的卵略近圆形，卵壳钙质较多，壳硬而脆。其他各种蜥蜴的卵多为长椭圆形，壳革质而柔韧。