马达加斯加陆龟的交配期为10月至翌年2月，大多在11月和12月。求爱开始于雄性的嗅闻，然后环绕雌性5-30次。雄性推动雌性，有时咬雌性的头和前肢。交配时，雄性增大的外胚层穿透雌性的甲壳。雄性用它的角斑作为杠杆来推翻雌性。雌性抬起后腿以便抬起后壳。雄性会发出单个连续的声音。雄性和雌性都有多个配偶，但是每一个配偶之间间隔一定的天数。

在草原、竹林、火烧区或大草原的开阔地带交配三个月后筑巢。筑巢通常在灌木丛、原木或树木附近，通常在早晨晚些时候进行。雌性用后腿挖一个浅坑，在挖掘过程中排尿湿润土壤。平均孔宽11.43厘米，深10.92厘米。雌性将土壤紧紧包裹在蛋上，然后把它们扔了。雌龟一季可产卵4-5次，每个产卵期间隔一个月，每窝下1-6（平均3.2）个蛋，蛋球形、白色，直径约为4.19-4.7厘米、平均重量为36.2克（20-54克）。

孵化期为197-281天不等，平均237天。11月初的降雨通常会导致孵化。幼龟在白天出现，通常甲壳长度为42-46毫米，在孵化时是完全独立的。在一项为期5年的对两个种群的研究中，马达加斯加陆龟的卵受精率为71.9%，孵化成功率为54.6%。每年，一只雌性平均孵化4.3只幼龟（Pedrono等人，2001）。

列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN 2008年 ver 3.1）——极危（CR）。

列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》（CITES）（2019年11月26日）——附录Ⅰ。

在所有的龟鳖类中，马达加斯加陆龟不像其他的龟鳖类一样总是被人们当成美食大肆捕杀，当地人对该种龟是特别尊重的，不敢任意伤害，他们认为吃马达加斯加陆龟会走霉运。而且在马达加斯加岛上原本没有它们的天敌存在。但是，马达加斯加陆龟也与其他许许多多濒临灭绝的动物一样，正面临绝种的危机。 在1993年，安哥洛卡的数量估计在100到400只之间。

对马达加斯加陆龟来说，栖息地的减少是最主要的威胁。马达加斯加农民用放火来促进作为牛饲料的牧草生长，或者清理出土地用来种稻谷和树薯。因为大火，它们赖以生存的森林正在逐渐消失。当地人尽管不吃马达加斯加陆龟，但它们还是会被马达加斯加人从野生环境中捉回去。因为当地人有传统认为让小鸡们同马达加斯加陆龟在一起可以保证它们的健康。而想要人工饲养该种龟是十分不易的，因为幼龟生性孤僻，对环境变迁十分敏感，对食物的种类也十分挑剔，虽然抗病力不差，但是它们却比较容易因紧迫而拒食。另外，岛上从非洲引进了南非野猪，在这里它们没有天敌，而且马达加斯加人是禁食猪肉的，这使得野猪剧增，而南非野猪对于马达加斯加陆龟的幼仔和龟卵的掠食就成了一个问题。还有，非法宠物贸易也对野生马达加斯加陆龟造成了伤害。

为了拯救马达加斯加陆龟，1986年，马达加斯加水土森林和野生动物保护部门制定了马达加斯加陆龟拯救计划。马达加斯加陆龟拯救计划包括研究，人工圈养繁育以及地方团体的积极参与。这项计划执行得非常成功，逾150只幼龟在繁殖中心出生。用于繁殖的成年陆龟都是作为非法宠物由政府查抄来的。最终，一些圈养繁殖的陆龟将返回野生环境。在马达加斯加岛上生活的人们看到了周围环境的变化。他们已经意识到自己的森林正在消失，湖里的鱼越来越少。他们的生存直接依赖于这些自然资源，因此他们希望能够保护自己的生活环境。为了减少因为森林大火造成的资源损失，马达加斯加人现在已经意识到每个人都有责任来协助扑灭大火，不协助灭火的人将受到惩罚。